第二步，融合。这一步是炼丹最艰难，也是最核心的步骤。药液和丹药最大的不同就在于，丹药要进行的融合这一步。
众所周知，不同药材都有不同药性。融合时应根据不同药材的不同药性按一定顺序依次进行融合。就好像是数种物质的复杂化学反应。顺序错了，最后融合的丹药极有可能不仅没有应有的效果，反而成了一枚毒丹。
比如钠与二氧化碳反应生成苏打，再通氯气可制取漂白粉。可若是钠先和氯气反应变成氯化钠，那么不管你通多少二氧化碳都制不出漂白粉。
而融合过程，不仅要在合适的时机依次按顺序融合药液，还需要控制合适的温度。温度的一丝偏差都可能造成复杂的副反应，不仅损失药效，还会有难以被武者炼化的杂质。
比如，甲苯和浓硝酸在浓硫酸的催化作用下，五六十度能生成烈性炸药，而温度只有三十度时会生成邻硝基甲苯，还会生成对硝基甲苯。若温度波动再大些，说不定还会生成邻甲基苯磺酸，对甲基苯磺酸或间甲基苯磺酸。如果你的温度控制能力突破天际，还会可能变成二氧化碳、氮氧化物、三氧化硫和一堆黑色渣渣。不，渣渣或许都不会剩下。