另外，作为自来水水源的天然水中含有多种有机污染物，部分有机物还会在消毒处理过程中与使用的消毒剂（如液氯）发生反应，生成具有致癌、致畸形、致突变作用的有毒物质，如三卤甲烷、卤乙酸等。这些有毒物质的含量虽然很小，但如果长期直接饮用自来水，就会对健康造成隐患。再加上有些城市的自来水管大多是几十年前的老水管，铅等重金属含量较高，使自来水中的重金属离子也相应增多。又由于水管使用时间过长、锈蚀较为严重，自来水中也常含有大量铁锈，在水中余氯的分解作用下，还容易滋生细菌。
不能直接饮用泉水
爱旅游的朋友可能有过这样的经历：在我们游山玩水、兴致正浓的时候，突然发现眼前出现一股清澈的山泉，从山间缓缓流淌而下。有些人看到泉水清澈，忍不住要捧起来喝上几口，有的人甚至痛饮起来，以体验一下泉水不同于自来水的甘甜和清冽。其实，这种做法是非常不妥当的。
这是因为，大多数地方的泉水虽然看起来十分清澈，好像没有什么污染，而实际上，这些泉水已经受到周围居民的粪尿、鸟兽排泄物、生活废水、雨水冲刷、土壤尘埃等多方面的污染，水中都含有大量的细菌（尤其是大肠杆菌）、病毒、寄生虫、重金属、氯及有机污染物等，水质不一定符合生活用水水质标准，甚至可以说污染情况非常严重。如果不加以处理直接拿来饮用，就很容易引起急性肠胃炎。因此，泉水最好不要直接饮用。