嘉祐四年（1059年）十月，待守丧期满后，苏轼才再次返回京城。嘉祐六年（1061年），苏轼应中制科考试，即通常所谓的“三年京察”，入第三等，为“百年第一”，被授大理评事、签书凤翔府判官。四年后，苏轼还朝判登闻鼓院。治平二年（1065年），父亲苏洵病逝，苏轼、苏辙兄弟立即扶柩还乡，守孝三年。很快三年过去了，苏轼再次还朝。那时候，震动朝野的王安石变法才刚刚开始。苏轼的许多师友，包括当初赏识他的恩师欧阳修在内，因极力反对新法与新任宰相王安石政见不合，被迫离开了京城。一时间，朝野呈现出一片旧雨凋零的景象。在苏轼看来，这个京城已经不是他二十岁时所见的那个“平和世界”了，他的内心有些失落与绝望。
熙宁四年（1071年），对于新法的实施，耿直敢言的苏轼不想坐视不管。于是，他立即上书谈论新法的种种弊病。王安石听后很是愤怒，便让御史谢景在神宗赵顼跟前诉说苏轼的各种过失。被逼无奈之下，苏轼主动请求出京任职。也就是在那一年，他又被派往杭州任通判。熙宁七年（1074年）秋，他又被调往密州（今山东诸城）任知州。在他任职期间，他一直革新除弊、因法便民。在很短的时间内，其政绩颇为突出，深得当地人们的信赖。